Заметки о генетике. Теста 23andme


Генетика на здоровье, часть 1. С чего и как начать 23andMe?

Итак, начинаю серию постов, посвященных использованию результатов генетических тестов для практического использования в целях сохранения и укрепления здоровья. Так сказать персонифицированное здоровье. В этой серии я буду рассказывать на своем личном примере A(ндрей) (мужчина) и на примере Ч. (женщина) для полной картины. Многие тесты можно уже делать и в Беларуси в Институте генетики, но с точки зрения цена – количество исследований в настоящее время самые качественные и доступные тесты делает компания 23andMe.com. Кроме того, есть возможность скачать результаты исследования в виде Raw Data (исходники) для дополнительного анализа на сторонних сайтах и программах. Но обо всем по порядку. Сегодня про отрезок от желания заказать тест до момента получения результатов. Да, сразу отмечу, что с позиции генетики и родословных 23andMe не очень хорош, для этого нужен familytreedna.com.
Генетика на здоровье, часть 1. С чего и как начать 23andMe?
Генетика на здоровье, часть 1. С чего и как начать 23andMe?

Кто такие 23andMe?

23andMe — частная биотехнологическая компания, расположенная в Маунтин-Вью, Калифорния, предоставляет частным заказчикам информацию об их предрасположенности к заболеваниям на основании анализа предоставленного биоматериала на однонуклеотидный полиморфизм по нескольким тысячам SNP. Матери этой компании - Линда Эйви и Энн Войчицки. Прежде чем придумать 23andMe, Линда Эйви 20 лет проработала в фармакологической компании. Чтобы превратить мечту об индивидуальной медицине в реальность, Линде Эйви нужны были деньги и вычислительные мощности, способные обрабатывать лавину генетической информации. Где их можно было найти? Там же, где ищут и все остальное, — в «Гугле». Незадолго до этого вышла книга «История Google». Там среди прочего рассказывалась история про эксцентричную первую леди «Гугла» — девушку (а впоследствии жену) основателя компании Сергея Брина, Энн Войцицки. Сидя на ежегодном «ужине миллиардеров», она расспрашивала присутствующих за столом, чувствуют ли они, после того как поедят спаржи, странный запах в своей моче. 

Как бы странно ни выглядело подобное любопытство, Энн явно знала, что спрашивала: ее собеседникам, как оказалось, уже приходилось размышлять на эту тему. Светского анекдота Линде Эйви хватило, чтобы распознать в Энн свою: способность чувствовать за­пах метилмеркаптана, содержащегося в спарже, ­генетиче­ски детерминирова­на. Поэтому ­несколь­ко недель спустя, выбив себе встречу с одним из топ-менеджеров «Гугла», ­Линда пригласила на нее и Войцицки. 

Энн Войчицки была полной ­противо­положностью Линды Эйви. Если Линда выросла в семье фермеров из Айовы и закончила никому не известный колледж, то Энн — дочь стэнфордского профессора физики и известной журналистки — закончила биологический факультет Йеля с отличием и собиралась замуж за миллиардера. Линда происходила от незаконнорожденной немецкой девушки, сбежавшей в Америку, скрываясь от презрения соплеменников, предки Энн — евреи из СССР — высадились на Эллис-Айленде в Нью-Йорке в 1930-е годы. Объединяло их одно: интерес к персональной генетике. Как бы то ни было, они быстро нашли и общий язык и своего первого инвестора — Сергей Брин выделил почти 4 миллиона долларов на запуск 23andMe.

Как заказать тест?

23andMe не выполняет отправки китов в Беларусь и Россию. Не потому, что они плохие, а потому, что наше законодательство запрещает любой перевоз через границу биологических образцов, не важно это слюна или почка. Вот такой абсурдный запрет: ведь людям-то можно себя перевозить. Как пишет 23andMe «правовой статус трансграничных отправлений, содержащих биологические образцы человека, недостаточно ясен». 

Сначала определитесь с тем, какой тип теста Вы хотите заказать у 23andMe.

Существуют следующие опции: Health - получите результаты, связанные только со здоровьем и наследственностью. Ancestry - получите доступ к основным генеалогическим сервисам. Full - полнофункциональный тест, как по медицине, так и по генеалогии (лучше всего). Да, периодически бывают скидки (Рождество, День Отца, День Матери и др.).

В 2013 году американский регулятор FDA после ряда предупреждений запретил компании выдавать клиентам медицинскую информацию, по сути, об их собственном здоровье. После некоторых разбирательств FDA частично снял запрет, но для клиентов из большинстве стран медицинская информация по-прежнему недоступна. Список стран-счастливчиков короткий: Дания, Финляндия, Швеция, Нидерланды, Великобритания, Ирландия, и Канада. Клиенты из всех остальных стран должны регистрироваться через общий международный сайт и медицинские отчеты не получают. 

Поэтому возможно следующее:

1) Вы ищите какого-нибудь знакомого в США (Дания, Финляндия, Швеция, Нидерланды, Великобритания, Ирландия, и Канада) и просите его посодействовать. Т.е. посылка отправляется на его адрес, а он её переправляет Вам или привозит, вы плюете и ваш знакомый возвращается назад, отсылает готовый кит из одной из этих стран. Это самый надежный вариант.

2) Вы ищете знакомого-посредника в других странах из присутствующих в списке 23andMe и обращаетесь к нему. Будет это стоить много дороже, чем в пункте первом,  так как отправка китов по США бесплатна, а за пределы Штатов осуществляется недешёвым FedExом.

3) Вы используете специальный сервис http://www.shipito.com. Платите за доставку в Беларусь или Россию (вариант отправки выбираете из списка) + за сам сервис. При этом кит заказывается на адрес в США.

4) Если вы путешествуете через любую из этих стран, то предварительно можете заказать кит на адрес гостиницы (заранее это обговорив). Приехали, получили кит, плюнули и отправили назад из этой же страны.

Процедура забора образца.

Следуем инструкции в коробке. Наконец распаковываем кит и следуем вложенной инструкции. В общем-то, нужно будет только зарегистрировать ваш кит онлайн по уникальному коду и собрать анализ. Когда получаете посылку, кит нужно зарегистрировать на сайте лаборатории. Как только кит зарегистрирован, на сайте лаборатории у вас появляется персональная страничка: где выложены образцы того как будут выглядеть и ваши будущие анализы.

Процедура сбора анализа очень проста - минимум за 30-60 минут до сбора слюны нельзя есть, пить, курить, жевать жвачку и вообще лучше ничего не класть в рот. После такого "воздержания" надо поплевать в пробирку, чтобы слюна дошла до указанного уровня. Дальше нужно закрыть пробирку идущим в комплекте колпачком, в котором находится консервирующая слюну жидкость. Пробирку надо хорошенько потрясти, а после закрыть обычной крышечкой.

Процедура отправки.

Законно из стран бывшего СССР отправить генетический материал (в данном случае слюну) очень сложно - можно утонуть в бюрократии, в поисках разрешения, и ничего не добиться. Отправлять лучше всего из США (Дания, Финляндия, Швеция, Нидерланды, Великобритания, Ирландия, и Канада). Конечно, можно рискнуть отправить из Беларуси или России, вам может повезти, а может серьезно не повезти на двух уровнях: завернут посылку на почте (образцы биологических жидкостей официально запрещено провозить) или завернут на на самой 23andMe (отправлено из страны, которой нет в списке разрешенных для пакета Здоровье). Впрочем, у многих прокатывает. "Note: 23andMe can only accept samples returned from countries in which we offer our services, and only from the same country the sample was shipped to". Если посылка с заказом (анализом) потеряется в пути, за цену примерно 10 долларов Вам на указанный адрес (адрес посредника), отправят новый тестовый кит.

Процедура анализа.

Во время анализа ДНК происходят следующие этапы: сперва ДНК наносят на чип, на котором находится множество различных участков, к которым ДНК может прицепиться. В зависимости от того что находится в определенном участке вашей ДНК, она присоединится к определенному участку. После присоединения, на чип светят определенным излучением и участки, к которым присоединилось именно ваше ДНК подсвечиваются и дают необходимую информацию. Это называется генотипирование. 

Конечно все описанные процессы значительно сложнее и включают кучу нюансов. После того, как результаты получены начинается их проверка, которая тоже проходит на четвертой ступени. Проверяют результаты во-первых насколько они полны. При анализе удается определить далеко не все интересующие части ДНК. 23andme проверяет, чтобы количество распознанных участков было не меньше 98% от всех анализируемых участков (это называется Call rate). 

Для некоторых людей из-за особенностей их ДНК а также из-за малого количества ДНК в их слюне 23andme иногда не может провести анализ. В этом случае 23andme либо вышлет дополнительную пробирку, либо вернет деньги. Не стоит бояться, таких людей очень мало. На пятой стадии будут доступны необработанные генетические данные, известные родственники (если есть). 

Как отслеживать прогресс?

Сначала на сайте регистрируем полученный кит, используя информацию и код, которые есть внутри. Открываем вкладку home. 

2 of 6 кит зарегистрирован. 

3 of 6 кит уже в лаборатории. 

4 of 6 приступили к анализу. 

5 of 6 можно увидеть мито и гаплогруппу и скачать raw data file 

6 of 6 все готово можно родню смотреть.Если вы посылаете перед Рождеством, когда заказывают многие кит в подарок, то кит может долго стоять в ожидании (step 3 of 6).

Как вы видите, все просто. В следующем посте расскажу, что я получил.

Источники:

http://blog.22andxy.ru/

molgen.org

23andme.com

www.beloveshkin.com

О чем мне рассказал мой геном — результаты 23andme глазами профессионального генетика

Крайне поучительные выводы можно сделать при прочтении замечательной статьи американского генетика Gregory A. Petsko, в которой автор расскрывает интересную точку зрения на сущность анализа генетических вариантов в 23andme. Статья написана на очень легком языке, и автор сдабривает эту легкость изрядной долей здрового юмора.  Поскольку тема тестирования в 23andme интересна значительному проценту наших читателей, то ниже мы приводим перевод статьи на русский.

» Выходит,  что я не потомок Чингисхана . Я уверен, что это обстоятельство удивляет  вас не меньше, чем  меня. Судя по тому, что мы слышим от людей, которые используют геномику  для отслеживания путей человеческой миграции, огромный процент представителей человеческой расы на самом деле произошли  от Чингисхана. Но только не я.

Это одна из тех вещей, которые я узнал после того как представил образец моей ДНК для геномного анализа однонуклеотидных полиморфизма (SNP ) в одной из компаний, созданных для выполнения тестов для  ‘обычных  людей’ за плату. Мне было любопытно посмотреть , какого рода информацию они предоставляют , и честно говоря, я хотел узнать кое-что о своем собственном геноме. Поэтому следуя инструкциям компании, я плюнул несколько раз в  пластиковый контейнер, пока не набрался необходимый объем слюны , отправил его по почте , и стал ждать результатов . Обнаружат ли у меня аллель, которая обречет меня на  редкую генетическое заболеваний , когда я войду в преклонный возраст?  А что, если мой риск развития сердечных болезней , диабета,  — или любого из тысяч других  недугов терзающих плоть — гораздо выше среднестатистического ? Окажусь ли я потомком Чингисхана ?

Компания 23andme, в которую я направил образец слюны,  выполняет сиквенирование или гибридизацию ДНК не сама , а в отдельной специализированной лаборатории, c которой у 23andme заключен договор . После того, как лаборатория получила мои образцы , мою ДНК экстрагировали из клеток задней стенки щеки в слюне и амплифицировали  с помощью  ПЦР достаточное для стадии генотипирования количество ДНК.  Далее, ДНК разрезали рестрикцией на меньшие, более управляемые фрагменты. Эти фрагменты ДНК затем нанесли на ДНК-чип , который в данном конкретном случае представляет собой небольшую стеклянную пластину с миллионами микроскопических шариков-головок на  поверхности. К каждой головке прикрепляются  ДНК-зонды , комплементарные тем  сайтам человеческого генома , в которых расположены наиболее важные снипы. Для каждого SNP, имеется два ДНК-зонда  соответствующих «нормальной» и «мутировавшей» версии (аллелю) каждого SNP.  Таким образом, гибридизация сайта ДНК с конкретным ДНК -зондом , обнаруживается при помощи флуоресценции, которая,  как и в случае любого другого эксперимента c ДНК-чипом, служит для идентификации аллели .

ДНК-чип, который использует 23andme, включает в себя  550000 снипов,  разбросаных по всему геному. Хотя эти 550 тысяч снипов являются лишь частью из всех находящихся в геноме человека снипов (по разным оценкам, их количество достигает 10 миллионов) , набор этих 550 000 снипов тщательно продуман — сюда входят специально подобраные  тэг-снипы (снипы-метки).  Поскольку  многие снипы характеризуются высоким неравновесным сцеплением  между собой, генотип  многих снипов ​ может часто определяется, исходя из вывленного при тестирования генотипа того SNP , который является «тэгом-меткой» своей группы или LDблока снипов.  Благодаря процедуре использования снипов-меток, можно максимизировать  информацию от каждого фактически проанализированного SNP, сохраняя при этом низкую стоимость самого анализа.

Кроме того,  многие ДНК компании имеют специально подобранные десятки тысяч дополнительных снипов,  ​имеющих высокие диагностические перспективы и подробно изученные в  научной литературе.  Соответствующие этим снипам зонды добавляются в модифицированный ДНК-чип Illumina. Эти снипы включают факторы риска для общих и редких заболеваний человека, а также генетически наследуемые признаки (дальтонизм и так далее) .

Доступ к окончательным данным осуществляется через веб-сайт компании, который включает в себя возможность загрузки всего набор информации по проанализированным SNP-ам . После того, как я получил уведомление о готовности моих результатов,  то, будучи ученым, выполнил самостоятельный  биоинформатический анализ своих данных . Нужно однако признать, что сайт  23andme на самом деле cодержит качественный и интуитивно понятный интерфейс, обеспечивающий клиенту конкретную информацию о конкретных аллелей связанных с наследственными факторами конкретных различных заболеваний, физических черт, и так далее.

Вот некоторые из вещей, которые я  узнал  о себе:

Согласно геномным данным , мой цвет глаз , вероятно,  коричневый ( хорошее предположение ) . Я должен быть лактозотолерантным ( так оно и есть ). Данные моего цитохрома P450 показывают, что я был бы весьма чувствительным к антикоагулянту варфарину , если я когда-либо должен был принимать его (надеюсь, что я никогда это не сделаю — это отвратительный препарат), снип в гене рецептора андрогенов свидетельствует о значительном снижении риска мужского типа облысения ( у меня есть новости для ученных , я слегка полысел на макушке ). По SNP-у в гене рецептора допамина,  в одном немецком исследовании  было установлено, что он связан со снижением эффективности в процессе обучения избежанию ошибок . Согласно одному SNP-у в гене , связанном с метаболизмом инсулина , у меня есть хорошие шансы дожить до 100  лет (то есть, если все ошибки, которые я не научилися избегать, не ухудшат эти шансы ) . Есть также целый список снипов , которые в некоторых исследованиях были связаны с улучшением спортивных результатов (спринтерские способности, скорость реакции и так далее ) . У меня нет ни одного из этих снипов , что вряд ли вызовет удивление у  любого из моих учителей физкультуры .

Вместе с тем, у меня отмечен повышенный , в сравнении  со среднестатистическим , риск  развития ревматоидного артрита и псориаза ( что интересно , потому что мой отец страдал от этого заболевании ). У меня несколько сниженный риск развития целиакии , болезни Крона, сахарного диабетом 1 типа и рака предстательной железы . В любом случае , отклонение от нормы малозначительно — менее чем в два раза , — и не достаточно, чтобы заставить меня рассматривать планы по изменению образа жизни.

Но когда я самостоятельно проанализировал свои данные, один полиморфизм вызвал беспокойство. Так, у меня был обнаружен гуанин (G)  в cнипе rs1799945 , расположенном в гене, кодирующем белок под названием HFE. HFE является протеином мутирующем при наследственном гемохроматозе . Наследственный гемохроматоз,наиболее распространенная форма болезни связанной с перегрузкой организма железом, является аутосомно -рецессивным генетическим заболеванием, которое вынуждает организм поглощать и хранить слишком много железа . Избыток железа сохраняется во всех органах и тканях организме , в том числе поджелудочной железы , печени и кожи. Без лечения , накопления железа могут повредить  органы и ткани. Есть два основных генетических варианта приводящих к этому заболеванию .

Генетический вариант 1 ( C282Y/rs1800562 ) находится в гене HFE. HFE производит мембранный белок , который структурно изморфен I типу белков МНС класса, и ассоциируется с β2 -микроглобулином. Считается, HFE  отвечает за абсорбцию железа в  клетках кишечника, печени и иммунной системы,  регулируя взаимодействие рецептора трансферрина с трансферрином. Замена C282Y нарушает взаимодействие между HFE и его легкой цепью β2 — микроглобулина и предотвращает экспрессию на поверхности клетки. Анализы кристаллической структуры протеина HFE подтверждают то , что было предсказано исходя из изучения его последовательности. Cys282 ( остаток 260 в зрелой форме белка ) участвует в дисульфиднои мосте подобно аналогично протеинам, которые содержатся в  α3 домены I класса MHC . Потеря дисульфида дестабилизирует  уникальную нативную пространственную структуру белка. Второй наиболее распространенный вариант гена  HFE  — это замена гистидина-63 на аспарагиновую кислоту . В кристаллической структуре HFE , His63 ( гистидин-41 в последовательности зрелой формы ) включен в  солянной мост , который в результате мутации разрушается превращаясь в отрицательно заряженный остаток , и тем самым дестабилизируя белок. Таким образом, как и многие другие наследственные заболевания , гемохроматоз является  заболеванием вызванным конформацией (нарушением третичной структуры) белка.

В США  вариант 1 является наболее распространенным. «Нормальная аллель» Cys282 содержит гуанин в обеих нитях,  и встречается примерно у 876 из 1000 человек европейского происхождения . Наиболее распространенные формы наследственных гемохроматозов обнаружены у индивидов гомозиготных по аденина в обеих положениях, это происходит примерно у 4 из 1000 человек европейского происхождения (0,4%) . Тем не менее, пенетрантность является неполной : лишь только от трети  до половины гомозигот показывают повышенный уровень железа и, возможно, менее чем у  10% мужчин (и у от 1 до 2% женщин ) появятся полные клинические симптомы болезни , которые включают в себя боли в суставах , усталость, боль в животе, нарушение функции печени, и проблемы с сердцем . Как показал Эрнест Беутлер, хотя  мутация гемохроматоза и является относительно распространенной , сама болезнь гемохроматоза встречается редко. То есть мутация в гене HFE является необходимым , но не достаточным условием . Задача исследователей гемохроматоза в геномную эпоху, также как и в случае многих заболеваний, состоит в  изучении  других генетических, эпигенетических  и экологических факторов, определяющих, почему только у части гомозигот по C282Y (или H63D ) мутациям развивается  тяжелое заболевание нарушения обмена железа , в то время как большинство его носителей в значительной степени  не имеют даже малейших признаков этого заболевания .

У гетерозиготы в C282Y имеется аденин только в одной цепи и встречается примерно у 120 из 1000 человек европейского происхождения: у гетерозигот практически никогда не возникают клинические симптомы . Гетерозиготы по H63D встречаются гораздо реже , но также маловероятно, что у них появятся клинические симптомы . Как и каждый десятый житель США , я носитель гемохроматоза . Я гетерозигот по H63D .

Теперь, когда я знаю причину, что это дает мне? Не так уж и много, как мне кажется, но я всегда буду помнить о своей гетерозиготности, и если я когда-нибудь у меня появится один из признаков перегрузки железом , я , вероятно, попрошу своего врача , чтобы тот проверил мой уровень железа . Наверное, людям которые заботятся о своем здоровье, такие вещи знать необходимо  .

Но если вы зайдете на сайт компании , в которой вы сделали свой ​​анализ , то увидите, что информация, о которой я писал чуть выше, находится  не на самом видном месте. Все, что отображается на самом видном месте, связано исключительно с генеалогией. Я беседовал с генеральным директором компании, и она подтвердила, к моему удивлению ,  что люди, которые используют услуги 23andme гораздо больше заинтересованы в отслеживании своих корней с генетической точки зрения , чем в отчетах, связанных с генетическими факторами здоровья или физического состояния . На сайте можно найти несколько инструментов для подключения себя к другим людями, которые имеют с вами родство с генетической точки зрения . Другими словами, в настоящее время, основное применение полногеномного анализа SNP-ов сводится к созданию своего рода социальной сети генетических генеалогов .

Моя материнская гаплогруппа T2b2 . Гаплогруппа T возникла около 33000 лет назад на Ближнем Востоке , когда современные люди вышли из Восточной Африки . Ее нынешнее географическое распределение сильно зависит от нескольких миграций из Ближнего Востока в Европу , Индию и Восточной Африке примерно 15000 лет назад. T2 в настоящее время широко распространена в Северной Африке и Европе. Семья моей матери совсем недавно приехала из Италии , так что я предполагаю, что эта информация имеет практический смысл. Вы можете обнаружить на сайте сходство с гаплотипами известных людей: например, если ваша материнская гаплогруппа h5a , то  вы попадаете в одну компанию с  Уорреном Баффетам , одним из самых богатых людей в мире. Вы будете в восторге — и, возможно, не удивитесь — узнав, что единственный известный человек в списке на сайте c той же гаплогруппой, что и я, — это  Джесси  Джеймс, легендарный бандит с Дикого Запада.

Мой отцовской гаплотип I2. Гаплогруппа I2 является наиболее распространенной в Восточной Европе и на средиземноморском острове Сардиния, где она встречается у 40% мужского населения. Как и ее братская гаплогруппа , I1, I2  мигрировала в составе экспансивных миграций  на север в конце ледникового периода около 12 000 лет назад. Но в отличие от I1, которая расширялась от Пиренейского полуострова в северо-западной Европе , градиент  I2 направлен с Балкан в сторону юго-запада России в восточной части континента. Эти выводы также логичны, поскольку семья моего отца была родом из казаков. Если бы моя отцовская гаплогруппа была чрезвычайно распространеной С3 , я был бы потомком  Чингисханом . Увы, не повезло . Если бы это была гаплогруппа Т , я бы разделял  отцовскую линию с великим американским президентом и отцом-основателем, Томаса Джефферсона . Увы, cнова промах. На самом деле, веб-сайт компании не содержит ни одного известного человека с отцовской гаплогруппой I2 ( если не считать меня , конечно же) .

Так что теперь , благодаря моему собственному анализу cнипов личного генома, я знаю , что  вряд ли будет исключительно успешным в спорте; и что я не голубоглазый лысеющий блондин. Ни одно из этих заключений не представляло для меня какую либо то ни было неожиданность. Впрочем, я также узнал, что не происхожу от  Чингисхана. Вот что получилось у меня , и  я полагаю, что это лучше чем не знать ничего.

Понравилось это:

Нравится Загрузка...

Похожее

verenich.wordpress.com

Тайны ДНК: Опыт с 23andme

Недавно, бороздя страницы интернета, я наткнулся на информацию о некоей американской фирме предоставляющей услуги по генетическому анализу. Очень заинтересовался и сделал тест в этой фирме под названием 23andme. Далее, разбираясь с результатами, я узнал о другой фирме, в которой сделал еще один тест. Еще заказал тест в 23andme для мамы и планирую протестировать всю семью. В общем, меня очень затянуло исследование собственной ДНК и, несмотря на инженерное образование, я немного стал разбираться в генетике - понимать самые азы. В этом блоге я хочу поделиться своими открытиями. Так что же я узнал после теста 23andme? Результаты можно разделить на две категории: 1) особенности моего организма, мое здоровье и 2) генеалогическая информация. Если конкретнее, то по здоровью узнал:
  • Особенности своего организма, например, насколько быстро он перерабатывает (уровень метаболизма) кофеин. У меня оказался высокий, поэтому я не чувствую бодрости от кофе.
  • предрасположенности к различным болезням. Тут целый букет о котором даже не приятно писать. Вот небольшой список: болезнь Альцгеймера, ожирение, диабет, различные онкологические заболевания... Список очень большой. Собственно, оказалось, я предрасположен к сердечно-сосудистым заболеваниям, что понятно - в семье много сердечников.
  • Восприимчивость к различным лекарствам. Очень важная информация. Например, мой организм медленнее перерабатывает Плавикс, Фенобарбитал и некоторые другие лекарства. Из-за чего будут наблюдаться сильные побочные эффекты, которые могут принести больше вреда чем пользы.
В данный момент, с ноября 2013 23andme не предоставляет информацию по здоровью, и ее приходится смотреть на сторонних сайтах, руководствуясь своими данными. Это связано с письмом госорганов США в 23andme, где чиновники требуют убрать данные по здоровью. Руководствуются они при этом тем, что, получив информацию о своих предрасположенностях, неосведомленный человек сразу побежит принимать меры, и в худшем случае, что-нибудь себе отрежет у хирурга, из-за, например, большой вероятности возникновения рака в этом органе. Однако буквально на днях 19 февраля 2015, ситуация немного изменилась. Пока что данные по здоровью не предоставляют но "лед тронулся". Как обещает сооснователь 23andme бывшая супруга Сергея Брина Анне Войжитски, вопрос с данными по здоровью решится в 2015. Ждем... По генеалогической информации мне нашли больше 900 родственников по всему миру из числа тех, кто прошел тест. С некоторыми сходятся семейные фамилии и, в ходе общения, удалось найти общего предка. В плане предков, на 99.7% я европеец, что для меня очевидно, на 0.2% азиат (монгол) и 0.1% африканец (во всех есть немного африканцев). В моих европейских генах нашли 1.7% от Ашкеназов - "европейских евреев", пытаюсь разобраться по чьей они линии. Ну и в моем ДНК 2.7% Неандертальцев, что является средним для европейцев. Итак стоит ли проходить тест? Считаю, что однозначно ДА. Сейчас в области ДНК идут активные исследования, и если пока что-то не понятно, скоро все прояснится, и мы, скорее всего, сможем узнать много нового о нашем организме, имея результаты от 23andme. Уже сейчас некоторые сайты по данным 23andme за доп плату предоставят вам индивидуальную программу тренировок и диету, которые помогут добиться целей. Конечно, пока что все эти заявления сомнительны, т.к. серьезных исследований в этой области еще мало, но мир не стоит на месте. Кроме того, пройдя тест вы внесете вклад в исследования 23andme, которые продвигают наши границы знаний о ДНК. Ну и конечно генеалогическая информация - тут без комментариев. Приятно возобновить связи с потерянными ветками. В случае если вы были усыновлены или потеряли ветку своей семьи, то, возможно, 23andme поможет вам найти утерянные части. На сайте 23andme куча историй о воссоединении потерявшихся родственников со слезами, соплями и улыбками - этакий "Жди меня". И еще, в некоторые страны, включая Россию и Украину 23andme не отправляет тестовые наборы из-за законодательства. Законно из стран бывшего СССР отправить генетический материал (в данном случае слюну) очень сложно - можно утонуть в бюрократии, в поисках разрешения, и ничего не добиться. Про процесс заказа и отправки своей ДНК я напишу чуть позже, но пока что все прокатывает на дурака. Возможно, как это у нас бывает, лавочку скоро прикроют и за отправку своего ДНК к ужасным америкосам в худшем случае будут расстреливать.  Пока возможность есть, надо однозначно делать тест.

Я же тут продолжу информировать вас о том, что можно узнать о себе с помощью ДНК.

blog.22andxy.ru

Игрушка генетического тестирования / Geektimes

«Добро пожаловать к себе», «познакомьтесь со своей ДНК», «исследуйте свою внутреннюю вселенную» — такие слоганы составляют компании, предлагающие генетическое тестирование. Действительно, занятное дело — посмотреть на сбои своего собственного генома или узнать, откуда берет начало твой род. Сейчас сделать это довольно просто, потому что ИТ-компании смогли «завернуть» результаты биологических исследований в понятную для нас форму. Плюнул в пробирку сегодня, а через месяц уже смотришь разноцветные отчеты на сайте. Год назад я воспользовался услугами 23andMe — крупнейшей мировой компании, которая предоставляет генетический сервис непосредственно клиенту (direct-to-customer). На примере своего результата, хотел бы рассказать, что скрывается за таким генетическим тестом.
Мутации
Разберемся с биологической частью вопроса. Геном человека — полный набор генетической информации, которая, по большей части, упакована в 23 пары хромосом. Геном человека имеет колоссальный объем в 3,2 миллиарда пар ДНК-оснований (A, C, G или T). Это как если бы все люди на планете парами выстроились в сильно изогнутую кривую, и таких шеренг у нас две: от мамы и от папы. К тому же, в каждой из 3,7 триллионов клеток нашего организма геном одинаков. То есть, если в наш генетический код прокралось какое-то изменение, то “перекодировать” его пока что невозможно. Однако, с генетической точки зрения, все люди являются близнецами, потому что геномы двух человек похожи на 99,9%. При этом, различия в основном представлены точечными мутациями, когда один нуклеотид меняется на другой. Так, несколько точечных мутаций могут отличать кудрявого человека от человека с прямыми волосами, здорового от больного раком.

К сожалению, мы знаем не так много как хотелось бы, о связи между символами генома и видимыми признаками. Это обусловлено сложностью и многообразием механизмов, которые протекают в клетках. Для ряда признаков эта связь хорошо показана, например, для таких как группа крови, цвет глаз или предрасположенность к раку молочной железы.

Мутации являются био-маркерами, на которые нацелены тесты 23andMe и ряда других компаний. Сейчас их генетический тест берет во внимание 1 миллион мутаций в геноме. Однако, это не все возможные мутации. Стоит отметить, что существуют тесты, которые нацелены совершенно на другие маркеры. Например, тесты на отцовство анализируют короткие повторы определенных участков ДНК. Эти участки сильно различаются между семьями, но почти без изменений передаются внутри одной семьи.

Процесс
Для того, чтобы сделать генетический тест, нужно отправить образец вашего ДНК. 23andMe и многие другие похожие компании выделяют ДНК из слюны. Стоит отметить, что слюна является не лучшим материалом для анализа ДНК, так как клетки, которые в ней содержатся, как и другие соматические клетки, могут накапливать случайные мутации. Я не буду писать, какой материал и почему является более пригодным для ДНК-анализов. Процесс весьма автоматизирован. Вам присылают небольшую коробку с пробиркой, которую нужно наполнить слюной до линии. Пробирка имеет специальную насадку, чтобы было удобно наполнять. При закрытии, рвется пленка на насадке, и пробирка наполнятся буферным раствором, чтобы образец не испортился при доставке. Потом вы запечатываете ее и отправляете в США с DHL. Также нужно ввести уникальный номер пробирки на сайте 23andMe, по которому потом сопоставится ваш образец ДНК и ваш аккаунт. В полуавтоматическом режиме био-лаборатория определяет мутации и отправляет данные 23andMe. То есть сама лаборатория никаких выводов не делает, а только поставляет сырые данные о мутациях. Весь анализ проводится биоинформационными средствами. Имен лаборатория тоже не знает, а видит только уникальные номера пробирок. Результат готов примерно через месяц после отправки пробирки.

Тест 23andMe можно заказать почти во все страны мира, но не в Россию. Потому что в нашей стране несанкционированная переправка биоматериала незаконна. Известны попытки поиска лазеек в этой системе, но они либо проваливались, либо съедали слишком много времени и нервов. Свой тест я получал и отправлял из Италии.

Стоимость теста 23andMe составляет 99 долларов плюс доставка. Для жителей и гостей США доставка обойдется примерно в 5 долларов, для европейцев это порядка 60 долларов.

В крупных городах России есть аналогичные сервисы и даже клоны 23andMe, но их цены гораздо выше, а качество и объем анализов пока что ниже.

Этика
Перед тем как делать генетические тесты, нужно определиться с этическими вопросами. Во-первых, генетические болезни довольно коварны и многие из них пока что неизлечимы. Вы можете являться носителем мутации, которая может привести к фенилкетонурии. Вы можете не болеть фенилкетонурией, потому что копия того же гена от другого родителя является нормальной, но ваше потомство может быть подвержено этому заболеванию. Или тест может пoказать вам, что у вас очень высокий риск развития болезни Альцгеймера. Это заболевание характеризуется нарушением умственной деятельности и обычно проявляется после 50-ти лет. Жить с такой информацией или без нее — вопрос сугубо индивидуальный.

Во-вторых, генетическая информация в какой-то степени является общей для всей семьи. То есть, если вы являетесь носителем какой-то мутации, то скорее всего она пришла от одного из ваших родителей и она также передастся вашим потомкам. И результат теста отразится не только на вас, но и на всей вашей семье.

В-третьих, индивидуальная генетическая информация — явление новое, и пока что не понятно, как относиться к ее конфиденциальности. 23andMe довольно хорошо защищает ваши данные, но вы можете открыть их самостоятельно. Несомненно, чем больше данных мы имеем в открытом доступе, тем больше силы имеют наши статистические выводы. Но кто знает, как это будет использоваться в будущем. Например, в Америке уже сейчас генетические данные могут повлиять на страховые ставки клиентов.

Результат теста
Сайт 23andMe нагляднейшим образом дает вам отчеты о результатах теста. Все удобно, систематизировано и просто.

Я выделили 4 основные категории полученной информации. Список упорядочен по убыванию значимости для меня:

  1. Генеалогическое происхождение;
  2. Болезни и характеристики с изученной генетической основой: есть мутация / нет мутации;
  3. Риски, оцененные аналитической системой 23andMe;
  4. Познавательное.

Генеалогические тесты основаны на широкомасштабных исследованиях полных или частичных геномов, взятых из разных популяций. Ученые смогли определить наборы мутаций, которые характерны только для данной популяции (северные американцы, китайцы, австралийцы и т.д.). Имея набор мутаций, можно определить, к каким группам и в каком процентном соотношении относится человек. Такие тесты обладают довольно хорошей точностью.

График показывает мою принадлежность к восточно-европейской популяции. Так как 23andMe не работает с Россией, то отображается ближайшая к ней популяция. В принципе, результат соответствует действительности, потому что мои родители родом из России. Интересно было обнаружить небольшой процент якутских и балканских корней. В моей родословной совсем не было итальянцев и французов, что убило мои попытки объяснить свою любовь к вину.

Хорошо изучены генетические основы не слишком широкого ряда заболеваний. Например, для таких заболеваний как фенилкетонурия, рак молочной железы, синдром Блума, гемохроматоз и других, известны мутации, которые могут их вызвать. Тест показывает, являетесь вы носителем одной из таких мутаций или нет. Их наличие может приводить к серьезным рискам развития заболеваний. Но мутации могут быть и “молчащими”, то есть проявляться только в следующих поколениях. 23andMe дает ответ “есть-нет” по порядка пятидесяти заболеваниям. У меня нашлась только одна “молчащая” мутация, которая может привести к гемохроматозу — накоплению железа в организме. Судя по тесту 23andMe, отклонения в моем геноме отсутствуют. Это может означать, что мой геном чист. А может означать, что остальные опасные мутации еще не были обнаружены наукой.

Если генеалогическая и наследственная информация выглядят весьма убедительно, то к рискам и другим инструментам 23andMe я отношусь скептически.

23andMe имеет собственную систему по оценке рисков заболеваний. Эта система охватывает как открытые исследования и базы данных, так и их собственные результаты. Оценки рисков отсортированы по убыванию уверенности 23andMe в этом результате. Четыре звезды уверенности означают, что результат основан хотя бы на двух исследованиях, в которые были вовлечены хотя бы 750 испытуемых. Три и менее звезд уверенности означают, что результат основан на начальных исследованиях по болезни и мутациям. Отчет по моему геному не отличается изобилием заболеваний.

Риски разбиты на три группы: повышенный, пониженный и нормальный (средний по популяции) риск. Если оценка риска по заболеванию выше, чем среднестатистическая, то заболевание попадает в группу повышенного риска. Можно посмотреть описание каждого заболевания, чем оно грозит, и на основании каких исследований сделана оценка данного риска. Также даются рекомендации по тому, что делать, чтобы снизить риски возникновения заболевания. Такие советы носят общий характер: занимайтесь спортом, не ешьте много соленого, посоветуйтесь с врачом и так далее.

Помимо оценки риска здоровья, есть и другие познавательные инструменты 23andMe. Оценка на основе звезд уверенности делается по усваиваемости некоторых медицинских препаратов. В моем отчете 4мя звездами уверенности отличались только препараты, о которых я никогда не слышал: варфарин и абакавир. В другом отчете 23andMe попытался предсказать мои внешние характеристики (цвет глаз, склонность к облысению и другие) по моим геномных данным. Информация в этом отчете соответствовала действительности где-то на половину. Интересно было узнать, что мой геном на 3% схож с геномом неандертальца. Наши предки скрещивались с неандертальцами, что оставило след в нашем геноме. Инструмент по поиску родственников нашел каких-то шестиюродных братьев и сестер из США.

Собственный анализ
Я не нашел формул, по которым вычисляются оценки рисков 23andMe. Видимо, они не опубликованы, так же как и база результатов тестов 650 тысяч их клиентов. Поэтому я покопался в технической информации, чтобы проверить, насколько точны оценки рисков.

Заболевание с наиболее высоким риском в моем отчете — венозный тромбоз. Из-за повышенной густоты, кровь может образовывать тромб в венах, что вызывает боль и препятствует свободному току крови. Как правило, кровь накапливается в венах ног. 23andMe сообщает, что средний риск развития этого заболевания около 12%, а мой риск — примерно 36%.

Оценка этого риска основана на трех мутациях (идентификаторы rs6025, rs1799963 и rs505922). Эту информацию можно посмотреть в техническом отчете, по каждой мутации приведен ряд статей с исследованиeм связи между этой мутацией и болезнью.

23andMe предоставляет возможность скачивания сырых данных. Файл содержит все мутации, которые были протестированы у клиента. Я скачал свой файл и открыл его с помощью программы SNP Toolbox. С помощью этой программы можно посмотреть все мутации и гены, в которые они попадают, а также посмотреть связи мутаций и заболеваний на основе информации из открытых источников. Мы помним, что мы получаем два различных генома — от мамы и от папы. Программа SNP Toolbox показала, что первая мутация имеет генотип CC, то есть в данной позиции генома в одной версии этого гена (например, от мамы) стоит C, а в другой версии (от папы) тоже стоит С. Генотипы AG, AA, GG позитивно или негативно ассоциированы с венозным тромбозом. СС и GG в этом случае — один и тот же генотип, так как С и G комплементарные нуклеотиды. По данным открытых источников, генотип GG (CC) не вызывает риск развития венозоного тромбоза. Вторая мутация действительно оказалась ассоциирована с венозным тромбозом, но никакого численного показателя риска в открытых источниках нет. Третья мутация находится в некодирующей части гена, и известных клинических исследований по ней нет. Как выяснилoсь, информация o третьeй мутации пришла из полногеномных исследованиях по ассоциации мутаций и болезней (Genome-wide association studies), которые основаны на статистических данных, а не на клинических испытаниях.

Далее я посмотрел на публикации из отчета 23andMe. В основном, это были публикации конца 90х — начала 2000х годов. Это исследования в так называемую “предгеномную” эру — до расшифровки человеческого генома в 2000м году. Среди этих публикаций нашлось только одно широкомасштабное исследование с 5,5 тысячами испытуемых. Это исследование упоминается в отчете по первой и второй мутации, видимо, система считает его за два разных. Целью этого исследования является оценка риска развития венозного тромбоза у носителей обоих указанных мутаций. Однако, в моем генотипе присутствует только одна из них, то есть, результаты этого исследования ко мне неприменимы. Я не стал копать дальше, так как полученного результата уже было достаточно, чтобы усомниться в точности оценoк 23andMe. Более того, мне по-прежнему не понятно, откуда берутся числовые значения этих оценок.

FDA
Те, кто хочет сделать анализ 23andMe сейчас, должны знать, что Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) наложило бан на деятельность компании. Сейчас ведутся судебные разбирательства. FDA считает, что программа, дающая рекомендации клиентам на основе их генетической информации, является медицинским устройством. А такие устройства должны быть сертифицированы. Из-за бана FDA, новым клиентам 23andMe доступна только генеалогическая информация и сырые данные. Любую информацию, касающуюся здоровья, получить пока что нельзя.
Другие сайты
С сырыми данными 23andMe можно работать вне сайта компании. Например, можно загрузить иx в базу openSNP — проект по коллекционированию геномных данных с открытым доступом. Он не дает практически никакой полезной информации загружающeму, но помогает ученым, которые исследуют геномные вариации. Сайт уже собрал более 1000 результатов тестов.

Из 21 сайта, которые работают с данными 23andMe, с ходу и бесплатно мне удалось запустить только 2.

Первый из них показал, что 4 мутации в моем геноме так или иначе связаны с метилированием. Особого значения для меня эта информация не представляет.

Второй сайт, с которым мне удалось поработать — Genes and Us, оказался гораздо интересней. Из тестов 23andMe двух разных людей, сайт выводит оценки рисков здоровья их возможного потомства. Так как у меня не было результатов второго теста, я попытался посмотреть на потенциальное потомство с ничего не подозревающей Сьюзан Смит — демо-образцом. Выяснилось, что наше потенциальное потомство обладает повышенным риском заболеть венозным тромбозом и раком простаты. Однако, этот результат основан на двух неточных оценках, поэтому я не думаю, что стоит списывать Сьюзан Смит со счетов.

geektimes.com

Заказ и доставка 23andMe комплекта в Россию и обратно в США пошагово

Если кто не знает, 23andMe — это такая передовая американская компания, которая несёт науку в массы. Основали её в 2008-м Linda Avey и Anne Wojcicki (кстати, жена Сергея Брина). Предлагает 23andMe анализ генома для простых смертных. Всё просто: вы им образец своей слюны, а они вам вашу генетическую информацию. А именно происхождение дальних предков, предрасположенность к различным заболеваниям и прочее. Подробности можно прочитать у них на их сайте.

 

 

Если раньше цена была довольно высока, то с декабря 2010 они её значительно сбросили. Зависть к американцам при этом стала ещё больше потому как необходимую для сбора анализа коробочку  в Россию доставлять они не начали. Однако, однажды я решил таки разобраться с этим делом и найти обходной путь. Гугл запрос «заказ 23andme» привёл меня на полезный форум, где есть вся информация о том, как организовать доставку в Россию через посредников и отправить её потом обратно в Калифорнию.

В итоге, я следовал советам именно с этого форума. Однако, поскольку все их собрать довольно сложно в виду разбросанности по темам, то я решил кратко и пошагово описать весь процесс в одном посте. А заодно и показать несколько фотографий того, как собственно выглядит сам 23andMe kit, который они присылают.

Если интересно, то читаем дальше.

Сразу оговорюсь, что я исхожу из предположения, что вы не первый раз покупаете что-либо в интернете. А значит у вас есть кредитная карта, необходимая для этого (например, Visa Classic) и/или Paypal account. Что же остаётся сделать?

 

1. Заводим аккаунт на Shipito.com

Shipito.com спасает нас, жителей третьего мира, отправляя нам посылки, которые сами производители или магазины отправлять не хотят. Расположены они в Калифорнии, недалеко от Лос-Анджелеса и с радостью получат нашу посылку после через перешлют её в Россию или куда-нибудь ещё.

2. Покупаем кит на 23andme и отправляем его в Shipito

Для этого регистрируемся, оплачиваем и вводим адрес Shipito. В январе 2011 он был таким:

c/o Eastbiz Corp.2964 Columbia St.Suite # 44408Torrance, CA 90503

Однако, я настоятельно советую убедиться, что он не изменился.

3. Отправляем кит на свой домашний адрес

Когда доставка придёт на склад Шипито, вы должны получить email-уведомление. После этого можно заходить на сайт, выбирать тип доставки и отправлять уже на свой домашний адрес. Однако, придётся убить некоторое время на загрузку документов подтверждающих вашу личность.

4. Ждём вечность, пока Почта России доставит посылку

Когда это произойдёт, вам в почтовый ящик должны скинуть бумажное уведомление. Но, зная особенности работы данной организации, нужно быть готовым к тому, что могут и забыть это сделать. После этого просто берём паспорт и спокойный философский настрой и идём получать посылку в вашем почтовом отделении.

5. Следуем инструкции в коробке

Наконец распаковываем кит и следуем вложенной инструкции. В общем-то, нужно будет только зарегистрировать ваш кит онлайн по уникальному коду и собрать анализ. Никаких особых навыков для этого не требуется. Вот так выглядит наступившее ещё вчера будущее.

 

 

23andMe kit открытый, забор образца

 

6. Отправляем посылку назад в 23andMe

Вновь готовим наши нервы к испытанию и идём в отделение Почты России. На этот раз времени скорее всего потребуется ещё больше т.к. посылку мы отправляем, а не получаем. Отправлять нужно «малым заказным конвертом». На этот раз уже напрямую в 23andMe. Внутри коробки уже есть готовый пакет с напечатанным адресом. Однако, на почте придётся положить его в уже в наш конверт и написать адрес вручную. Плюс, от меня лично потребовали надрезать конверт ножницами, чтобы наша славная таможня имела возможность посмотреть, что внутри. Адрес в январе 2011 был таким:

 

Accessioning Dept.23andMe/Natl Genetics Institute2440 S Sepulveda Blvd # 130Los Angeles, CA  90064 – 1784

 

7. Дожидаемся результата и узнаём о себе много нового

23andme обещает проанализировать семпл и показать результаты через 2-4 недели после получения. Лично я отправил в первых числах января и пока жду. Пока любуюсь на внутренний интерфейс сайта, заголовок которого гласит “Welcome to you!”.

Удачи!  😉

PS Вполне возможно, что этот алгоритм очень далёк от оптимального, но он сработал в моём случае.

Ссылки по теме: сайт, статья в вики, твиттер.

21cent.ru

23andMe - Wikipedia

23andMe, Inc.

Type of site

Available in Founded Headquarters Created by Key people Industry Products Services Employees Website Users Current status
23andMe Logo
Private

48 countries

  • Albania, Armenia, Azerbaijan, Australia, Belarus, Bosnia and Herzegovina, Canada, all countries of the European Union, Hong Kong, Iceland, Israel, Liechtenstein, Macedonia, Monaco, Moldova, New Zealand, Norway, United States, United Kingdom, San Marino, Singapore, Switzerland
April 2006; 12 years ago (2006-04)
Mountain View, California, United States
Linda AveyPaul CusenzaAnne Wojcicki
Anne Wojcicki (CEO)Esther Dyson(board member)
BiotechnologyGenetic genealogy
Direct-to-consumer personal genome testingMobile application
Genetic testing, Genealogical DNA testing, medical research
400+
23andMe.com
5 million[1][2]
Active

23andMe is a privately held personal genomics and biotechnology company based in Mountain View, California. The company is named for the 23 pairs of chromosomes in a normal human cell.[3]

The company had a previously fraught relationship with the U.S. Food and Drug Administration due to its genetic health tests, but as of October 2015, DNA tests ordered in the US include a revised health component per FDA approval.[4][5] 23andMe has been selling a product with both ancestry and health-related components in Canada since October 2014,[6][7][8] and in the United Kingdom since December 2014.[9]

In 2007, 23andMe became the first company to begin offering autosomal DNA testing for ancestry, which all other major companies now use. Its saliva-based direct-to-consumer genetic testing business was named Invention of the Year by Time magazine in 2008.[10][11][12]

As of September 2017, the company was valued at $1.5 billion, over $1 billion from 2016.[13]

History[edit]

The company was founded by Linda Avey, Paul Cusenza and Anne Wojcicki in 2006 to provide genetic testing and interpretation to individual consumers.[14][15] In 2007, Google invested $3,900,000 in the company, along with Genentech, New Enterprise Associates, and Mohr Davidow Ventures.[16] Wojcicki was married to Google co-founder Sergey Brin at the time.[7]

Cusenza left the company in 2007 and was appointed CEO of Nodal Exchange in 2008.[17] Avey left the company in 2009 and co-founded Curious, Inc. in 2011.[18]

In 2012, 23andMe raised $50 million in a Series D venture round, almost doubling its existing capital of $52.6 million.[19][20][21] In 2015, 23andMe raised $115 million in a Series E offering, increasing its total capital to $241 million.[5][22][23]

The company sponsored the PBS TV series "9 Months That Made You".[24]

Another $250 million of financing was raised in September 2017, led by new investor Sequoia Capital. Sequoia is joined in the financing by new investors Euclidean Capital, Altimeter Capital and the Wallenberg Foundation.[25]

In 2017, 23andMe created a brand marketing advertisement featuring Gru from the movie Despicable Me.[26] In 2018, the company further marketed its brand in advertisements narrated by Warren Buffett.[27]

Relationship with government regulators[edit]

The new genetic testing service and ability to map significant portions of the genome has raised controversial questions, including whether the results can be interpreted meaningfully and whether they will lead to genetic discrimination.[10][28] The regulatory environment for testing companies has been uncertain, and anticipated risk-based regulation catering for different types of genetic tests has not yet materialized.[29][30][31]

State regulators[edit]

In 2008 the states of New York and California each provided notice to 23andMe and similar companies, that they needed to obtain a CLIA license in order to sell tests in those states.[10][32][33] By August 2008, 23andMe had received licenses that allow them to continue to do business in California.[34]

FDA[edit]

According to Anne Wojcicki, 23andMe had been in dialogue with the FDA since 2008.[31] In 2010 the FDA notified several genetic testing companies, including 23andMe, that their genetic tests are considered medical devices and federal approval is required to market them; a similar letter was sent to Illumina, which makes the instruments and chips used by 23andMe in providing its service.[29][35][36] 23andMe first submitted applications for FDA clearance in July and September 2012.[37]

In November 2013, the FDA published a guidance on how it classified genetic analysis and testing services offered by companies using instruments and chips labelled for "research use only" and instruments and chips that had been approved for clinical use.[38]

At around the same time, after not hearing from 23andMe for six months, the FDA ordered 23andMe to stop marketing its Saliva Collection Kit and Personal Genome Service (PGS), as 23andMe had not demonstrated that they have "analytically or clinically validated the PGS for its intended uses" and the "FDA is concerned about the public health consequences of inaccurate results from the PGS device".[37][39][40] As of December 2, 2013, 23andMe had stopped all advertisements for its PGS test but is still selling the product.[41][42] As of December 5, 2013, 23andMe was selling only raw genetic data and ancestry-related results.[4][43][44]

23andMe publicly responded to media reports on November 25, 2013, stating, "We recognize that we have not met the FDA’s expectations regarding timeline and communication regarding our submission. Our relationship with the FDA is extremely important to us and we are committed to fully engaging with them to address their concerns."[45][46][47] Anne Wojcicki subsequently posted an update on the 23andMe website, stating: "This is new territory for both 23andMe and the FDA. This makes the regulatory process with the FDA important because the work we are doing with the agency will help lay the groundwork for what other companies in this new industry do in the future. It will also provide important reassurance to the public that the process and science behind the service meet the rigorous standards required by those entrusted with the public’s safety."[31]

On December 5, 2013, 23andMe announced that it had suspended health-related genetic tests for customers who purchased the test from November 22, 2013 in order to comply with the FDA warning letter while undergoing regulatory review.[4][43][44]

In May 2014 it was reported that 23andMe was exploring alternative locations abroad including Canada, Australia and the United Kingdom in which to offer its full genetic testing service.[48] 23andMe had been selling a product with both ancestry and health-related components in Canada since October 2014,[6][7][8] and in the United Kingdom since December 2014.[9]

In 2014 23andMe submitted a 510(k) application to the FDA to market a carrier test for Bloom syndrome, which included data showing that 23andme's results were consistent and reliable and that the saliva collection kit and instructions were easy enough for people to use without making mistakes that would affect the tests, and included citations to the scientific literature showing that the associations between the specific tests that 23andMe were relevant to Blooms.[49][50] The FDA cleared the test in February 2015; in the clearance notice the FDA said that it would not require similar applications for other carrier tests from 23andMe.[49][51] The FDA sent further clarification about regulation of the test to 23andMe on October 1, 2015.[52]

On October 21, 2015, 23andMe announced that it would begin marketing carrier tests in the US again.[5] CEO Anne Wojcicki said, "There was part of us that didn’t understand how the regulatory environment works" in regards to the distributed laboratory regulatory functions of FDA and CMS.[53]

23andMe submitted a "de novo" applications to the FDA to market tests that provide people with information about whether they have gene mutations or alleles that put them at risk for getting or having certain diseases; the applications included data showing that 23andme's results were consistent and reliable, and that the saliva collection kit and instructions were easy enough for people to use without making mistakes that would affect the tests, and included with citations to the scientific literature showing that the associations between the specific tests that 23andMe were relevant to the diseases. In April 2017, the FDA approved the applications for ten tests: Late-Onset Alzheimer’s Disease, Parkinson’s Disease, Celiac disease, Hereditary Thrombophilia, Alpha-1 Antitrypsin Deficiency, Glucose-6-Phosphate Dehydrogenase deficiency, Early onset of Dystonia, Factor XI deficiency and Gaucher’s Disease.[54][55] The FDA also said that it intended to exempt further 23andMe genetic risk tests from the needing 501(k) applications, and it clarified that it was only approving genetic risk tests, not diagnostic tests.[54]

In March 2018 the FDA approved another de novo application from the company, this one for a DTC test for three specific BRCA mutations that are the most common BRCA mutations in people of Ashkenazi descent; they are not the most common BRCA mutations in the general population and the test is only for three of the approximately 1,000 known mutations. These mutations increase the risk of breast and ovarian cancer in women, and the risk of breast and prostate cancer in men.[56]

Products and services[edit]

Direct to consumer genetic testing[edit]

23andMe began offering direct to consumer genetic testing in November 2007. Customers provide a saliva testing sample that is partially SNP genotyped and results are posted online.[14][57][58] In 2008, when the company was offering estimates of "predisposition for more than 90 traits and conditions ranging from baldness to blindness", Time magazine named the product Invention of the Year.[10]

After the sample is received by the lab, the DNA is extracted from the saliva and amplified so that there is enough to be genotyped. The DNA is then cut into small pieces, and applied to a glass microarray chip, which has many microscopic beads applied to its surface. Each bead has a probe on it that matches the DNA of one of the many variants the company test for. If the sample has a match in the microarray, the sequences will hybridize, or bind together, letting researchers know that this variant is present in the customer's genome by a fluorescent label located on the probes. Tens of thousands of variants are tested out of the 10 to 30 million located in the entire genome. These matches are then compiled into a report that is supplied to the customer, allowing them to know if the variants associated with certain diseases, such as Parkinson's, Celiac's and Alzheimer's, are present in their own genome.[59]

Uninterpreted raw genetic data may be downloaded by customers.[28] This provides customers with the ability to chose one of the 23 chromosomes, as well as mitochondrial DNA, and see which base is located in certain positions in genes, and see how these compare to other common variants. Customers who bought tests with an ancestry-related component have online access to genealogical DNA test results and tools including a relative-matching database. US customers who bought tests with a health-related component and received health-related results before November 22, 2013 have online access to an assessment of inherited traits and genetic disorder risks.[4][60][61] Health-related results for US customers who purchased the test from November 22, 2013 were suspended until late 2015 while undergoing an FDA regulatory review.[5][43][44] Customers who bought tests from 23andMe's Canadian and UK locations have access to some health-related results.[6][9]

As of June 2015, 23andMe has genotyped over 1,000,000 individuals.[62][63] FDA marketing restrictions reduced customer growth rates[64] but by 2018 they had tested five million individuals.[1][65]

Product changes[edit]

In late 2009, 23andMe split its genotyping service into three products with different prices, an Ancestry Edition, a Health edition, and a Complete Edition.[66] This decision was reversed a year later when the different products were recombined.[29] In late 2010 the company introduced a monthly subscription fee for updates based on new medical research findings.[29][67] The subscription model proved unpopular with customers and was eliminated in mid-2012.[68]

23andMe sold only raw genetic data and ancestry-related results in the United States due to FDA restrictions from November 22, 2013 until October 21, 2015,[4][43][44] when it announced that it would resume providing health information in the form of carrier status and wellness reports with FDA approval.[69] Wojcicki said they still plan to report on disease risk, subject to future FDA approval.[5]

The price of the full direct-to-consumer testing service in the United States reduced from $999 in 2007 to $399 in 2008[70] and to $99 in 2012,[19] and was effectively being sold as a loss leader in order to build a valuable customer database.[28][71][72] In October 2015, the US price was raised to $199.[69] In September 2016, an ancestry-only version was once again offered at a lower price of $99 with an option to upgrade to include the health component for an additional $125 later.[73]

The initial price of the product sold in Canada from October 2014, which includes health-related results, was C$199.[6][7] The initial price of the product sold in the UK from December 2014, which includes health-related results, was £125.[74]

In February 2018, 23andMe announced that its ancestry reporting would tell people what country they were from, not just what region, and increased the number of regions by 120. Like other companies, it still lacked data about Asia and Africa, which the African Genetics Program (launched in October 2016 with a grant from the US National Institutes of Health) will rectify by recruiting sub-Saharan Africans to increase the genomic data on racial and ethnic minorities.[75][76] Building off of the African Genetics Program, the Global Genetics Program was also announced in February 2018. This program aims to increase the genomic data of 61 underrepresented countries in their database by providing free tests to individuals that have all 4 grandparents from one of the countries. In April 2018, 23andMe announced the Populations Collaboration Program, which sets up formal collaborations between the company and researchers that are investigating underrepresented countries.[77]

Instrument and chip versions[edit]

Up until 2010 Illumina sold only instruments that were labeled "for research use only"; in early 2010 Illumina obtained FDA approval for its BeadXpress system to be used in clinical tests.[78][79]

Accuracy concerns[edit]

Customers comparing 23andMe results to other genomic and ancestry testing companies have received highly differing results, possibly due to human error, or the analysis of the DNA extraction due to overrepresentation of one country/region over another in the database.[80] Ancestry results are based on the amount of confidence the company has that the DNA is from a specific region, leading to both specific countries when the confidence is high, and broad regions when the confidence is low. This can lead to surprising results due to specific countries getting masked by low confidence in the DNA.[81] The possibility of false positives also adds to customer confusion and unnecessary concerns when interpreting results.[82]

Medical research[edit]

Aggregated customer data is studied by scientific researchers employed by 23andMe for research on inherited disorders; rights to use customers's data is also sold to pharmaceutical and biotechnology companies for use in their research.[5][28][83] The company also collaborates with academic and government scientists.[84][64] In July 2012, 23andMe acquired the startup CureTogether, a crowdsourced treatment ratings website with data on over 600 medical conditions.[85] In 2010 23andMe said that it was able use its database to validate work published by the NIH identifying mutations in glucocerebrosidase as a risk factor for Parkinson's disease.[84]

In 2015, 23andMe made a business decision to pursue drug discovery themselves, under the direction of former Genentech executive Richard Scheller.[5][86] One of their main focuses is Parkinson's disease, and they are utilizing the 23andMe database to search for rare variants associated with Parkinson's in the hope of developing a drug for the disease. The company also set up research agreements with the pharmaceutical company Pfizer to explore the genetic causes of colitis and Crohn's disease.[87][88]

In 2016, a project the company was developing that would provide customers with next generation sequencing was ended, because of the fear that the results would be too complicated or vague to fit into the company's goal of providing useful information directly to consumers, both quickly and precisely, according to CEO Anne Wojcicki.[89] Also in 2016, 23andMe used self-reported data from customers to locate 17 genetic locations that seem to be associated with depression.[90]

In 2017, 23andMe, the Lundbeck pharmaceutical company, and the Milken Institute think tank started collaborations to focus on psychiatric disorders such as bipolar disorder and depression. Their goals are to determine the genetic roots of such disorders, as well as pursue drug discovery in those areas.[91]

See also[edit]

References[edit]

  1. ^ a b Regalado, Antonio (2018-02-12). "2017 was the year consumer DNA testing blew up". MIT Technology Review. Retrieved 2018-02-20. 
  2. ^ 23andMe Rides Again: FDA Clears Genetic Tests To Predict Disease Risk Forbes. April 6, 2017
  3. ^ "Fact Sheet". 23andMe. Retrieved November 27, 2013. 
  4. ^ a b c d e Herper, Matthew (December 5, 2013). "23andMe Stops Offering Genetic Tests Related to Health". Forbes. Archived from the original on February 9, 2014. Retrieved December 6, 2013. 
  5. ^ a b c d e f g Pollack, Andrew (2015-10-21). "23andMe Will Resume Giving Users Health Data". The New York Times. ISSN 0362-4331. Archived from the original on October 25, 2015. Retrieved 2015-10-21. 
  6. ^ a b c d Ubelacker, Sheryl (October 1, 2014). "U.S. company launches genetic health and ancestry info service in Canada". Winnipeg Free Press. The Canadian Press. Retrieved October 7, 2014. 
  7. ^ a b c d Hansen, Darah (October 2, 2014). "5Q: Anne Wojcicki, CEO 23andMe on knowing your DNA data (and being married to the boss of Google)". Yahoo Finance Canada. Retrieved October 7, 2014. 
  8. ^ a b "23andme genetic testing service raises ethical questions". CBC News. October 2, 2014. Retrieved October 7, 2014. 
  9. ^ a b c Roberts, Michelle; Rincon, Paul (2 December 2014). "Controversial DNA test comes to UK". BBC News. Retrieved 2 December 2014. 
  10. ^ a b c d Hamilton, Anita (October 29, 2008). "Best Inventions of 2008". Time. Retrieved April 5, 2012. 
  11. ^ "About Us". 23andMe. 
  12. ^ Janzen, Tim; et al. "Autosomal DNA testing comparison chart". International Society of Genetic Genealogy Wiki. 
  13. ^ [https://techcrunch.com/2017/09/06/23andme-hits-1-5b-pre-money-valuation-in-latest-huge-funding-round/ 23andMe hits $1.5B pre-money valuation in latest huge funding round TechCrunch. Sep 6, 2017.
  14. ^ a b Goetz, Thomas (November 17, 2007). "23AndMe Will Decode Your DNA for $1,000. Welcome to the Age of Genomics". Wired. Archived from the original on March 12, 2014. Retrieved April 5, 2012. 
  15. ^ "Corporate Info". 23andMe. Retrieved November 27, 2013. 
  16. ^ "Google invests in genetics firm". BBC News. May 22, 2007. Retrieved June 28, 2007. 
  17. ^ "Board Of Directors". Nodal Exchange. Retrieved November 27, 2013. 
  18. ^ Curious: We've got questions
  19. ^ a b Tsotsis, Alexia (December 11, 2012). "Another $50M Richer, 23andMe Drops Its Price To $99 Permanently. But Will The Average Dude Buy In?". TechCrunch. AOL. Retrieved December 12, 2012. 
  20. ^ "Press Release: 23andMe Raises More Than $50 Million in New Financing". 23andMe. December 11, 2012. Retrieved November 27, 2013. 
  21. ^ "23andMe". CrunchBase. AOL. Retrieved December 12, 2012. 
  22. ^ Chen, Caroline (October 14, 2015). "23andMe Funding Values Genetics Startup at $1.1 Billion". Bloomberg Business. Retrieved October 25, 2015. 
  23. ^ "Notice of Exempt Offering of Securities". U.S. Securities and Exchange Commission. Retrieved 11 July 2015. 
  24. ^ "9 Months That Made You". PBS. Retrieved July 14, 2016. 
  25. ^ "23andMe Raises $250 Million in Growth Financing Led by Sequoia Capital - 23andMe Media Center". 23andMe Media Center. Retrieved 2017-09-20. 
  26. ^ Luttner, Kathryn. "23andMe partners with 'Despicable Me 3' for first movie partnership" Campaign, 2 Jun 2017. Retrieved 22 Apr 2018
  27. ^ Warren Buffett narrates 23andMe commercial. Omaha World Herald. Jan 28 2018.
  28. ^ a b c d Jeffries, Adrianne (December 12, 2012). "Genes, patents, and big business: at 23andMe, are you the customer or the product?". The Verge. Archived from the original on January 2, 2014. Retrieved July 17, 2014. 
  29. ^ a b c d Vorhaus, Dan (November 23, 2010). "A Thanksgiving Tradition: 23andMe Repackages Product, Raises Prices". Genomics Law Report. Robinson Bradshaw & Hinson. Archived from the original on December 3, 2013. Retrieved November 29, 2013. 
  30. ^ Greely, Hank (November 25, 2013). "The FDA drops an anvil on 23andMe – now what?". Stanford University. Retrieved November 29, 2013. FDA had promised a risk-based regulatory scheme, but we don’t know what it is. 
  31. ^ a b c Wojcicki, Anne (November 26, 2013). "An Update Regarding The FDA's Letter to 23andMe". 23andMe. Retrieved November 27, 2013. 
  32. ^ Robert Langreth; Matthew Herper (April 18, 2008). "States Crack Down On Online Gene Tests". Forbes. 
  33. ^ Jason Kincaid (June 18, 2008). "Cease And Desist: California Tries to Unravel 23andMe's Genetic Testing". The Washington Post. TechCrunch.com. 
  34. ^ Pollack, Andrew (August 20, 2008). "California Licenses 2 Companies to Offer Gene Services". The New York Times. 
  35. ^ "FDA cracking down on genetic tests". NBC. June 11, 2010. Retrieved November 27, 2013. 
  36. ^ Pollack, Andrew (11 June 2010). "F.D.A. Faults 5 Companies on Genetic Tests". The New York Times. 
  37. ^ a b "Inspections, Compliance, Enforcement, and Criminal Investigations – 23andMe, Inc. 11/22/13". FDA. November 22, 2013. Retrieved November 25, 2013. 
  38. ^ Malone, Bill (February 1, 2014). "A New Chapter in FDA Regulation - AACC.org". Clinical Laboratory News. 
  39. ^ Perrone, Matthew (November 25, 2013). "FDA Tells 23andMe to Halt Sales of Genetic Test". ABC News. Retrieved November 25, 2013. 
  40. ^ Gray, Tyler (November 25, 2013). "FDA To 23andMe Founder Anne Wojcicki: Stop Marketing $99 DNA Test Or Face Penalties". Fast Company (magazine). Retrieved November 25, 2013. 
  41. ^ Garde, Damian (December 3, 2013). "23andMe pulls ads after FDA warning, but sales roll on". FierceMedicalDevices. FierceMarkets. Retrieved December 4, 2013. 
  42. ^ del Castillo, Michael (December 3, 2013). "Calm down about 23andMe, the media is getting it wrong". Upstart Business Journal. Retrieved December 5, 2013. 
  43. ^ a b c d "23andMe, Inc. provides update on FDA regulatory review" (Press release). 23andMe. December 5, 2013. Retrieved December 6, 2013. 
  44. ^ a b c d Fung, Brian (December 6, 2013). "Bowing again to the FDA, 23andMe stops issuing health-related genetic reports". The Washington Post. Retrieved December 6, 2013. 
  45. ^ Khan, Razib (November 25, 2013). "The FDA's Battle With 23andMe Won't Mean Anything in the Long Run". Slate Magazine. Retrieved November 25, 2013. 
  46. ^ Etherington, Darrell (November 25, 2013). "DNA Testing Startup 23andMe Hits A Snag As FDA Shuts Down Sales Of Home Testing Kit". TechCrunch. Retrieved November 25, 2013. 
  47. ^ Young, Susan (November 25, 2013). "Updated: FDA Orders 23andMe to Stop Genetic Tests". Technology Review. Retrieved November 25, 2013. 
  48. ^ Farr, Christina (May 6, 2014). "Gene startup 23andme casts eyes abroad after U.S. regulatory hurdle". Reuters. Archived from the original on May 27, 2014. Retrieved July 17, 2014. 
  49. ^ a b "FDA permits marketing of first direct-to-consumer genetic carrier test for Bloom syndrome". FDA News Release. February 19, 2015. 
  50. ^ "Device Classification under Section 513(f)(2)(de novo)". www.accessdata.fda.gov. FDA. Retrieved 7 April 2017. . 23andMe's Autosomal Recessive Carrier Screening Gene Mutation Detection System in FDA database
  51. ^ "23andMe Gets FDA Clearance to Market Bloom Syndrome Carrier Test Directly to Consumers". GenomeWeb. February 19, 2015. 
  52. ^ "Letter re DEN140044" (PDF). FDA. October 1, 2015. . Decision Summary: Evaluation of DEN140044 revising February 2015 evaluation.
  53. ^ Bensinger, Greg (2016-10-26). "Disconnect Between Silicon Valley and Regulators Over Health Technologies, 23andMe CEO Says". Wall Street Journal. ISSN 0099-9660. Retrieved 2016-11-23. 
  54. ^ a b "Press Announcements - FDA allows marketing of first direct-to-consumer tests that provide genetic risk information for certain conditions". FDA. April 6, 2017. 
  55. ^ Kolata, Gina (6 April 2017). "F.D.A. Will Allow 23andMe to Sell Genetic Tests for Disease Risk to Consumers". The New York Times. 
  56. ^ "Press Announcements - FDA authorizes, with special controls, direct-to-consumer test that reports three mutations in the BRCA breast cancer genes". FDA. March 6, 2018. 
  57. ^ "Our Service: Genotyping Technology". 23andMe. Retrieved November 27, 2013. 
  58. ^ Hadly, Scott (November 18, 2013). "23andMe's New Custom Chip". 23andMe. Retrieved November 27, 2013. 
  59. ^ Madara, Jason. "The extraction process: meet 23andme's Anne Wojcicki", WIRED UK, Mar 6 2017. Retrieved 17 Apr 2018.
  60. ^ Baertlein, Lisa (November 20, 2007). "Google-backed 23andMe offers $999 DNA test". USA Today. Archived from the original on July 17, 2014. Retrieved April 5, 2012. 
  61. ^ Swarns, Rachel L (23 January 2012). "With DNA Testing, Suddenly They Are Family". The New York Times. Archived from the original on July 17, 2014. Retrieved July 17, 2014. 
  62. ^ Wojcicki, Anne (June 18, 2015). "Power of One Million". Retrieved June 19, 2015. 
  63. ^ Ramsey, Lydia (July 7, 2015). "23andMe CEO defends practice of sharing genetic info with pharma companies". Business Insider. Archived from the original on July 8, 2015. Retrieved July 8, 2015. 
  64. ^ a b Kiss, Jemima (March 9, 2014). "23andMe admits FDA order 'significantly slowed up' new customers". The Guardian. Archived from the original on March 16, 2014. Retrieved March 10, 2014. 
  65. ^ "23andMe Breaks Two Million!". The DNA Geek. 2017-04-19. Retrieved 2017-04-24. 
  66. ^ Wu, Shirley (November 13, 2009). "Get Just the Information You Want: 23andMe To Offer Separate Health and Ancestry Editions". 23andMe. Retrieved November 29, 2013. 
  67. ^ MacArthur, Daniel (November 24, 2010). "News from 23andMe: a bigger chip, a new subscription model and another discount drive". Wired. Archived from the original on June 29, 2013. Retrieved November 27, 2013. 
  68. ^ "23andMe Eliminates Subscription Model". GenomeWeb Daily News. May 10, 2012. Retrieved November 27, 2013. 
  69. ^ a b "23andMe reboots genetic health testing, now with FDA approval". Ars Technica. Retrieved 2015-10-21. 
  70. ^ Pollack, Andrew (September 9, 2008). "DNA Profile Provider Is Cutting Its Prices". The New York Times. Retrieved 27 December 2017. 
  71. ^ Hamilton, David (September 10, 2008). "23andMe's Price Cut: The End of Personal Genomics?". CBSNews.com. Archived from the original on July 17, 2014. Retrieved July 17, 2014. 
  72. ^ Krol, Aaron (March 24, 2014). "23andMe Pursues Health Research in the Shadow of the FDA". Bio-IT World. Archived from the original on July 17, 2014. Retrieved July 17, 2014. 
  73. ^ Ramsey, Lydia (September 22, 2016). "23andMe is now offering a $99 genetics test again – but it's very different from the original". Business Insider. Retrieved September 26, 2016. 
  74. ^ Gibbs, Samuel (December 2, 2014). "DNA-screening test 23andMe launches in UK after US ban". The Guardian. Retrieved October 26, 2015. 
  75. ^ Farr, Christina (2018-02-28). "23andMe is getting more specific with its DNA ancestry tests, adding 120 new regions". CNBC. Retrieved 2018-03-29. 
  76. ^ Hayden, Erika Check. "The rise and fall and rise again of 23andMe", Nature, 11 Oct 2017. Retrieved 21 Apr 2018.
  77. ^ Zhang, Sarah. "23andMe Wants Its DNA Data to Be Less White", The Atlantic, 23 Apr 2018. Retrieved 24 Apr 2018.
  78. ^ Petrone, Justin (May 4, 2010). "FDA Clears Illumina's BeadXpress System for Clinical Use". GenomeWeb. 
  79. ^ "510(k) Premarket Notification K093128". FDA. Retrieved 7 April 2017. 
  80. ^ O'Rourke,Tanya. "How accurate are in-home DNA tests like Ancestry, 23andMe?", ''WCPO'', 12 Dec. 2017. Retrieved 28 Apr 2018.
  81. ^ Baron, Ethan. "DNA spit kits: 23andMe’s ancestry results ‘most confounding,’ new report says", Chicago Tribune, 17 Jan 2017. Retrieved 28 Apr 2018.
  82. ^ Mukherjee, Sy. "At-Home DNA Test Kits Are Blowing Up In Popularity. But Are They Accurate?", Fortune, 2 Apr 2018. Retrieved 28 Apr 2018.
  83. ^ McBride, Ryan (November 29, 2012). "23andMe sets stage for stronger ties with pharma". FierceBiotech. Archived from the original on August 8, 2013. Retrieved July 17, 2014. 
  84. ^ a b Goetz, Thomas (June 22, 2010). "Sergey Brin's Search for a Parkinson's Cure". Wired. Archived from the original on July 17, 2014. Retrieved April 5, 2012. 
  85. ^ "23andMe Makes First Acquisition, Nabs CureTogether To Double Down On Crowdsourced Genetic Research = Jul 11, 2012". TechCrunch. Retrieved Feb 18, 2015. 
  86. ^ Herper, Matthew (March 12, 2015). "In Big Shift, 23andMe Will Invent Drugs Using Customer Data". Forbes. Retrieved 28 October 2015. 
  87. ^ Herper, Matthew (January 6, 2015). "Surprise! With $60 Million Genentech Deal, 23andMe Has A Business Plan". Forbes. 
  88. ^ Molten, Megan (13 September 2017). "23andMe Is Digging Through Your Data for a Parkinson's Cure". Wired. 
  89. ^ Pressman, Aaron. "Why 23andme Killed Its Next Generation Gene Sequencing Project", Fortune, 27 Oct 2016. Retrieved 17 Apr 2018.
  90. ^ Mullins, N; Lewis, CM (August 2017). "Genetics of Depression: Progress at Last". Current psychiatry reports. 19 (8): 43. doi:10.1007/s11920-017-0803-9. PMC 5486596 Freely accessible. PMID 28608123. 
  91. ^ Mukherjee, Sy (September 12, 2017). "23andMe Raises Another $250 Million—And Wants to Use Your Genetic Data to Make Drugs". Fortune. 

Further reading[edit]

External links[edit]

en.wikipedia.org

Наука: Наука и техника: Lenta.ru

Биомедицинская компания 23andMe получила предписание прекратить продажу надомных генетических тестов. Причиной запрета стали претензии управления по продуктам и лекарствам США (FDA), которое опасается, что пользователи могут воспринять услуги компании как полноценный диагностический продукт и пойти на неоправданный медицинский риск. Означает ли это, что эпоха персональной медицины закончилась, так и не начавшись, выясняла «Лента.ру».

Компания 23andMe обязана своим возникновением спарже. В феврале 2005 года Энн Вожицки, подруга основателя Google Сергея Брина, позднее ставшая его женой, сидя на ежегодном «ужине миллиардеров» в Калифорнии, расспрашивала гостей, не чувствуют ли те, поев спаржи, неприятный запах в своей моче. У многих присутствующих ее вопрос вызывал лишь недоумение, однако Вожицки, к тому времени уже 10 лет проработавшая в фонде, инвестирующем в биотехнологические компании, знала, о чем говорит: чувствительность к запаху метилмеркаптана (метантиола), образующегося при метаболизме спаржи, обусловлена генетически.

Спаржа

Спаржа

Фото: Jason Lee / Reuters

Разговор за столом миллиардеров вскоре переключился на необходимость создания открытой базы данных, в которой люди могли бы «гуглить» информацию о своем геноме. А несколько месяцев спустя об этом ужине прочитала Линда Эви (Linda Avey) в книге The Google Story («История Google») Дэвида Вайза (David Vise) и Марка Малсида (Mark Malseed). Эви, 20 лет отработавшая в фармакологических компаниях, уже давно вынашивала идею создания генетического теста, анализирующего целый комплекс врожденных особенностей человека. Для реализации этой идеи ей не хватало только денег и вычислительных ресурсов — то есть именно того, что в избытке было у Google. Поэтому, пригласив Вожицки на встречу, Эви быстро нашла с ней общий язык, и уже в следующем году они вместе основали компанию 23andMe («23 и я»), название которой происходит от количества пар хромосом в нормальной соматической клетке человека. Первым инвестором компании стал Сергей Брин, вложивший в запуск 4 миллиона долларов.

Основная услуга 23andMe — предоставление всем желающим информации об их генетических особенностях. Сделав заказ на сайте компании и заплатив 99 долларов (вначале цена услуги составляла 999 долларов, но уже в 2008 году снизилась до 399 долларов), покупатель получает по почте «плевательный набор». Достаточно немного «пожевать» внутреннюю сторону щеки, выплюнуть слюну в пробирку и отослать ее по почте — остальное берет на себя компания. Она выделяет из слюны (точнее из клеток, которые в нее попали) ДНК, проводит генотипирование, и вскоре клиент получает свой «генетический паспорт».

Паспорт содержит информацию о предрасположенности к 122 различным заболеваниям — например, к болезни Альцгеймера, астме, биполярному расстройству, различным типам рака и диабета.

Набор 23andme.

Набор 23andme.

Изображение: 23andme

Обладатель паспорта получает также данные о 60 «безобидных» особенностях организма, вроде вероятности облысения, консистенции ушной серы, времени наступления менопаузы или склонности к чиханию при попадании из темноты на яркий свет. Ну и, конечно, о чувствительности к запаху метилмеркаптана в моче.

Вместе с паспортом пользователь получает индивидуальные рекомендации по поддержанию здоровья. Они в основном сводятся к совету посетить врача и сдать специальные анализы или содержат довольно очевидные подсказки, касающиеся образа жизни и диеты. Например, при высоком риске ожирения не рекомендуется много есть и мало двигаться, а при высокой вероятности возникновения меланомы — долго загорать.

Кроме того, на основании полученных данных можно кое-что узнать о своем происхождении. Например, клиент может получить информацию о том, сколько процентов его ДНК унаследовано от неандертальцев, оценить свои африканские, скандинавские или восточно-азиатские корни и попробовать проследить собственную родословную на 10 тысяч лет назад по материнской линии (с помощью анализа митохондриальной ДНК) или же по отцовской (с помощью Y-хромосомы).

Всем этим многообразием данных можно поделиться с другими пользователями 23andMe. Сайт компании фактически представляет собой социальную сеть, где участники могут обмениваться друг с другом генетическими данными, отмечать родственников и прослеживать происхождение конкретных признаков в своей семье. Однако создатели компании призывают клиентов хорошо подумать, прежде чем раскрывать свои данные, поскольку неизвестно, какое значение они могут приобрести в будущем. Ведь не случайно, например, в США в 2008 году был принят Акт о генетической недискриминации, запрещающий страховым компаниям повышать стоимость страховки на основе данных о генетической предрасположенности клиента к определенным заболеваниям, а работодателям — принимать на основе таких данных решения о найме или увольнении.

23andMe работает в 56 странах. Россия в это число не входит — законодательство не позволяет отсылать биологический материал за границу; сделано это из опасений, что против жителей РФ может быть создано «этнически направленное генетическое оружие» (нет, это не шутка). Как этот запрет сказывается на работе российских биологов — тема для отдельного разговора, на бизнес же он оказал вполне предсказуемый эффект: в России появились свои клоны 23andMe, например, Genotek и «Мой ген». Впрочем, им, конечно, пока далеко до того объема данных, которые собрала американская компания.

Чтобы стало понятно, почему FDA ополчилась на 23andMe, нужно вкратце объяснить, что представляют из себя тесты. Методика, по которой работает компания, называется генотипированием с помощью микрочипов. Под микрочипами в данном случае понимают не кремниевые процессоры, а небольшие кусочки стекла, на которые нанесены фрагменты ДНК известной последовательности. Если добавить к таким чипам меченую флюоресцентным красителем ДНК человека, она свяжется в определенных точках чипа. По распределению светящихся пятен красителя можно будет установить, какие именно нуклеотиды находятся в тех или иных позициях в геноме.

Генотипирование не заменяет классическое полногеномное секвенирование. Это его упрощенный, но зато гораздо более дешевый вариант (по крайней мере, пока). В тесте 23andMe анализируются однонуклеотидные полиморфизмы или SNP (single nucleotide polymorphism, в русской литературе их часто называют «снипами»). Это вариации последовательности ДНК в один нуклеотид, которые встречаются как в генах, так и в некодирующих участках ДНК. Хотя количество вариаций одного SNP ограничено числом нуклеотидов — A, T, G или C (а для большинства SNP число аллелей и вовсе не превышает двух), из-за огромного количества таких полиморфизмов каждый человек обладает практически уникальной комбинацией SNP. В общей сложности 23andMe анализирует 400-900 тысяч вариаций, для которых есть соответствующие маркеры на микрочипе.

Микрочип

Микрочип

Фото: niagara.edu

Наличие некоторых SNP в геноме коррелирует с определенными заболеваниями, что потенциально позволяет использовать их либо для диагностики, либо для оценки вероятности возникновения патологии. Но важно понимать, что одно дело — определить наличие в геноме того или иного SNP и совсем другое — сделать из этого правильные выводы. Если первое — это чисто техническая задача (которую, к слову, выполняет не сама 23andMe, а аккредитованная лаборатория), то второе — это вопрос и научный, и медицинский, и даже этический.

К сожалению, случаев простой корреляции мутации с заболеванием известно очень мало. К ним относятся так называемые моногенные заболевания, то есть те, которые определяются «поломкой» в одном гене. Это, например, фенилкетонурия, нарушение метаболизма аминокислоты фенилаланина, или известная всем по школьному учебнику биологии гемофилия. Для диагностики таких болезней достаточно проверить наличие мутации в конкретном гене.

Однако такое простое наследование — исключение, а не правило. Чаще всего свойства организма определяются работой многих генов, поэтому и большинство наследственных заболеваний связаны со множеством мутаций. Не говоря уже о том, что далеко не все болезни, которые мы называем наследственными, являются таковыми в полной мере, то есть развиваются в 100 процентах случаев при наличии соответствующих особенностей.

В таких случаях все, что могут позволить себе ученые, — это оценить вероятность возникновения заболевания. Для этого применяют так называемый коэффициент риска (odds ratio), показывающий, во сколько раз чаще конкретный полиморфизм встречается у больных людей, чем у популяции в целом. Например, известно, что у носителей некоторых вариантов двух SNP в гене APOE (rs7412 и rs429358) в десять раз повышена вероятность развития болезни Альцгеймера. Есть SNP, в пять раз повышающие риск возникновения послеродовой депрессии и даже коррелирующие с успеваемостью в школе. Список можно продолжать бесконечно: полиморфизмов, для которых установлена та или иная связь с заболеваниями, огромное количество. В одной из множества баз полиморфизмов, SNPedia, их насчитывается почти 50 тысяч.

Скриншот сайта с иллюстрацией SNP

Скриншот сайта с иллюстрацией SNP

Изображение: 23andme

Но являются ли эти данные статистически достоверными для всех популяций людей? Как коррелирующие с болезнью SNP связаны с механизмом возникновения заболевания? Можно ли как-то предотвратить или подготовиться к неприятному диагнозу, который сулит анализ SNP, и если да, то перевешивают ли риски профилактики (например, удаления молочной железы) саму вероятность заболевания? Следует ли вообще что-то знать о вероятности развития у вас болезни, если она неизлечима? Что делать с таким знанием?

Все это сложные вопросы. Некоторые из них требуют масштабных клинических исследований, другие — индивидуальной консультации врача, третьи — личного волевого выбора. 23andMe предоставляет решать, что делать с собранными данными, самим пользователям. Формально сама компания всего лишь снабжает их информацией и ссылками на научные работы, а также предоставляет площадку для обсуждения в форме социальной сети. Неудивительно, что такой либерализм почти сразу привел компанию к столкновению с главной бюрократической инстанцией в сфере американской медицины — FDA.

В 2008 году Департамент здравоохранения Нью-Йорка выслал письма компаниям, проводящим генетические тесты (в том числе 23andMe), с напоминанием о том, что такие анализы нельзя проводить без направления врача. Вскоре подобные письма разослал и Департамент штата Калифорния, потребовав от компаний получить лицензию клинических лабораторий. Тогда 23andMe отговорились тем, что компания не проводит медицинских тестов, а просто предоставляет клиентам персональную информацию об их ДНК, на которую они имеют полное право и с которой потом могут отправиться к врачу. С требованием получить лицензию клинической лаборатории тоже удалось разобраться: все генетические тесты для 23andMe проводит сторонняя лаборатория, обладающая необходимой сертификацией. В результате 23andMe получила разрешение продолжать бизнес.

В 2010 году регулятор заявил, что генетические тесты приравниваются к медицинским устройствам и должны получить соответствующее одобрение для продажи. 23AndMe, однако, на протяжении почти двух лет не предпринимала по этому поводу никаких активных действий. Только в 2012 году компания наконец подала заявки в FDA на разрешение продавать тесты в качестве медицинских устройств.

Энн Вожицки и Линда Эви

Энн Вожицки и Линда Эви

Фото: zimbio.com

22 ноября 2013 года FDA, так и не дождавшись конструктивных решений со стороны компании, отправил Энн Вожицки официальное (но от этого не менее раздраженное) письмо. В документе указано, что 23andMe, несмотря на проведенные «14 личных встреч и телеконференций, сотни электронных писем и десятки письменных обращений», до сих пор не выполнила предписания, выдвинутые FDA в ответ на заявки 2012 года. Тогда, как следует из письма, компании предлагался выбор: либо доказать, что тесты соответствуют степени надежности, одобренной FDA, либо изменить маркировку тестов, что позволило бы регулятору создать для них отдельную классификационную группу. Однако, поскольку 23andMe не сделала ни того, ни другого (а также не отвечала на письма FDA с мая 2013 года), регулятор принял решение отозвать заявки 2012 года и запретить продажу тестов до получения соответствующего разрешения. Впрочем, пока 23andMe продолжает игнорировать FDA: через неделю после запрета, 29 ноября, на сайте компании по-прежнему можно заказать «плевательный набор» для проведения теста.

Опасения FDA вызывает, во-первых, возможная недостоверность результатов теста, а во-вторых, несознательность клиентов, которые, неправильно оценив полученные данные или просто испугавшись высокого риска того или иного заболевания, могут совершить необдуманные действия. В качестве гипотетического примера FDA приводит ложноположительные и ложноотрицательные результаты при оценке риска рака молочной железы или яичников. Получив ложноположительные результаты, пользователь, полагает FDA, может пойти на профилактическое удаление органа или химиопрофилактику (как он сделает это без консультации врача, не уточняется). Ложноотрицательные результаты, напротив, могут привести к тому, что человек, недооценив риск развития заболевания, не обратится вовремя к врачу. Кроме того, FDA указывает на опасность оценки восприимчивости к лекарствам, которую дает тест: клиенты, основываясь на этих данных, могут заняться самолечением, произвольно отменяя или изменяя дозировку назначенных им лекарств. Впрочем, регулятор не подтверждает свои слова ни статистикой, ни реальными случаями.

У 23andMe, однако, есть что возразить на претензии FDA. Компания позиционирует себя как сервис по предоставлению данных — и только, не претендуя на врачебный статус. Все оценки риска заболеваний и восприимчивости к лекарствам даны на основе научных публикаций, аккуратно приведенных на сайте для каждой болезни. Информация о всех анализируемых признаках сопровождается предупреждением о том, что данные «предназначены только для исследовательских и образовательных целей и не должны использоваться как диагностические». Наконец, даже сами генетические тесты для 23andMe проводит сторонняя лаборатория — компания, таким образом, только поддерживает интерфейс, загружая на сайт информацию о новых научных исследованиях, проводя опросы и устраивая «плевательные вечеринки» (spit parties), на которых собирает слюну знаменитостей, например, Уоррена Баффета.

Одна из реальных претензий к 23andMe — история немецкого программиста Лукаса Хартманна (Lukas Hartmann), у которого генетический тест показал наличие двух SNP (rs28933693 и rs28937900), связанных с дистрофией Лейдена. Эта болезнь характеризуется дистрофией мышц тазового и плечевого пояса, приводящей к практически полной неподвижности, прогрессирует с течением жизни и пока остается неизлечимой. Придя в ужас от полученных результатов, но не обнаружив у себя никаких симптомов заболевания, Хартманн взялся за чтение научной литературы и изучение необработанных результатов теста 23andMe. Он выяснил, что полиморфизмы rs28933693 и rs28937900 локализованы в двух разных генах. Каждый из этих полиморфизмов приводит к заболеванию только в гомозиготном состоянии (то есть при наличии двух одинаковых аллелей). У Хартманна же оба этих SNP находились в гетерозиготном состоянии — по одной копии на каждый ген. Однако специалисты 23andMe, анализируя результаты теста, по ошибке «записали» оба полиморфизма в один ген — и мутация, таким образом, была интерпретирована как гомозиготная. После того как Хартманн написал об этом в 23andMe, компания признала свою ошибку и принесла ему извинения.

Конкуренты 23andMe, чтобы не привлекать внимание регуляторов, прибегают к разным уловкам. Например, Navigenics с самого начала использовала услуги врачей — именно они официально заказывали тесты для пациентов. Другие компании после писем 2008 года получили лицензии клинических лабораторий — в том числе исландская deCODE genetics, которая в апреле 2013 года отказалась от прямого взаимодействия с клиентами. Некоторые компании занимаются только определением родства и происхождения (FamilyTreeDNA, Ancestry.com) или секвенированием генома для клинических и исследовательских лабораторий (например, Complete Genomics). Все они не имеют отношения к медицине, и потому проблем с юридическим статусом у них не возникает.

Наиболее похожий на 23andMe конкурент, Gentle, предлагает тесты для определения более 1700 заболеваний и состояний, основанные на масштабном анализе всего экзома (кодирующей части генома). От конфликтов с регуляторами Gentle спасает статус компании по генетическому консультированию: результаты тестов анализируют специалисты по молекулярной генетике, а с клиентом взаимодействуют сотрудничающие с компанией врачи — они и дают пользователю все рекомендации и объясняют полученные результаты. Сходным образом работает и Pathway Genomics, обладающая лицензией клинической лаборатории: здесь клиент может получить результаты теста только от зарегистрированного в системе врача.

Спор 23andMe с FDA, по сути, сводится к вопросу о том, стоит ли давать людям свободный доступ к их генетическим данным или они настолько опасны, что лучше оставить это право только за специалистами. Трудно сказать, чем завершится этот не столько юридический, сколько мировоззренческий диспут. Между тем в Сети уже появилась петиция, призывающая FDA отменить запрет на продажу генетических тестов. Сторонников самим решать, что делать с информацией о собственном геноме, на момент написания заметки набралось три с половиной тысячи человек.

lenta.ru


Смотрите также